风息阁：阁主碧微真人（生前为化神后期）。无浮岛，负责情报收集，包括修真界及凡人界的奇闻异事，其他各门派势力要闻，以及部分灵山内部重点人员的监视。
“三宗”为人才培养单位，是所有低阶修士、部分高阶修士的日常居所。所有入门者皆为灵山外门弟子，部分弟子由前辈看中，可收入自己门下，登记造册后成为正式亲传弟子。
正一宗：前任宗主沈宣（合体后期），现宗主未定，暂时由灵照真人兼任。正一浮岛。大部分地区灵气较为稀薄，是所有入门弟子的安置区域。
天一宗：宗主九鹿真人（合体后期），天一浮岛。入门后决心坚持全真道法、愿意恪守戒律者，可进入天一宗。破戒掉阶者无论是否能够重修回原来的实力，都将被天一宗除名，可选择回到正一宗。
剑宗：宗主梅宴，梅山浮岛。原梅山剑宗合并入灵山派，其浮岛为梅宴一人所有。门下收容所有正统体修与剑修（如果有的话）。
特殊地点，君山浮岛：云空上人日常居住，高阶修士闭关场所，有试炼秘境入口。后山的“寒冰洞”被用来当做违反门规弟子的牢狱，因该地区极端环境，也有一些水属性修士在附近修行。
各门派无具体工作责任的闲职，均可称为“供奉”，多为实力强、辈分高的修士。