期间，党组织对他进行了及时的教育和挽救。省委、省纪委领导多次找他谈话，他都置若罔闻，拒绝组织上的教育、批评和挽救。面对群众的举报，他不是接受监督，而是采取对立的态度，企图掩盖自己的违法违纪行为，逃脱纪律和法律的追究。
但是祝友文万万没有料到的是，他这样做的结果，最终导致他身败名裂。１９９７年２月，有人举报他利用职权，非法指使公安机关截扣举报信件，阻挠压制群众检举控告。１９９７年４月１７日，中央电视台新闻评论部致函中央纪委领导同志，反映在新乡采访时发现对祝友文问题的揭发材料。中央纪委领导随即批示要求查清事实。中央纪委八室将此案列为中央纪委重点过问案件。省纪委常委会议于１９９７年７月２１日研究决定对祝友文立案调查。与此同时，省纪委也加紧了调查取证工作，随即查处了他利用职权，向财政和企业领导施加压力，为其子提供资金、承担债务和他本人收受钱物的严重违纪违法事实。